Tokio tiene decenas de museos de arte, historia, ciencia y tecnología. El museo más importante de Japón es el Museo Nacional de Tokio, y se encuentra en la parte noreste del parque Ueno. El conjunto de edificios que conforman el museo, contiene la mayor colección de arte japonés en el mundo. El alcance museográfico abarca la historia de Japón, desde tiempos prehistóricos hasta la era moderna.
El Museo Nacional de Tokio fue fundado en 1872. Es el museo más antiguo y más grande de Japón. Está localizado en el Parque Ueno, en Tokio. El museo alberga una extensa colección de objetos de valor arqueológico y artístico de varias eras de Japón y otros países asiáticos.
Los más de 110 mil objetos, incluyen 87 pertenecientes al Tesoro Nacional Japonés, y 610 clasificados como Propiedad Cultural de Importancia. El museo realiza investigaciones arqueológicas y antropológicas, así como difunde la cultura a través de eventos educacionales relacionados a su colección.
El museo está alojado en un conjunto de edificios separados entre sí. La Galería Honkan, la Galería Asiática, Hyokeikan, Heiseikan, la Galería de Tesoros Horyuji, el Centro de Investigación e Información y otras instalaciones mayormente de servicios.
El Museo Metropolitano de Arte, fundado en 1926, está dividido en una galería que expone los trabajos de artistas nacionales contemporáneos; y una destinada a trabajos de artistas extranjeros.
El museo Shitamachi, localizado en la esquina sureste del parque Ueno, está dedicado a preservar la cultura tokiota de la era Edo. El Mingeikan es un museo fundado por Yanagi Muneyoshi en 1931, consagrado a la artesanía popular de todo el país. El museo Goto muestra la colección privada de arte budista, propiedad de Goto Keita, presidente de Tokyu Corporation. En este museo se encuentran rollos pertenecientes al siglo XII, que cuentan la leyenda de Genji en pinturas de Fujiwara Takayoshi.
En el Museo de la Espada Japonesa, o Token Hakubutsunkan, se encuentran más de seis mil piezas, treinta de las cuales están catalogadas como tesoro nacional. El Museo Metropolitano de Fotografía de Tokio, localizado en Ebisu, tiene exposiciones permanentes de fotógrafos nacionales y extranjeros.

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